Kegiatan Belajar Mengajar: KBM di MSH Islamic Boarding School menggunakan kurikulum khas program Kulliyatu al Aimmah wal Huffazh yang bersumber dari al Quran dan al Sunnah. Materi yang diajarkan terbagi menjadi tiga, yaitu materi utama, materi keterampilan dan praktek lapangan. Materi utama adalah bahasa Arab, alquran, tsaqafah Islam, matematika dan sains. Materi keterampilan meliputi komputer, khat, bertani, dan prakarya.
- Durus Masjid: Kegiatan pengajian kitab-kitab ulama generasi salaf, diantaranya adalah kajian kitab ta’lim al muta’alim, kitab hadist arbaiin an nawawiyyah, kitab akhlak lil baniin wal banaat, kitab khulashah nurul yaqin dan kitab tafsir al muyassar.
- Tallaqi Asatidz bersama Masyaikh: Kegiatan tallaqi alquran dan kitab-kitab muqarrar al Azhar al Syarif Mesir bersanad serta kajian kitab khusus untuk para pengajar di lingkungan Mahad yang diampu langsung oleh Mudir Ma’had. Diikuti oleh para Asatiz Ma’had sebagai upaya meningkatkan kualitas dan kapasitas.
- Tasmi’ al Quran dan Mutun: Kegiatan setoran hafalan alquran dan mutun oleh siswa/santri kepada guru alquran dan juga kepada masyaikh.
- Ekstrakurikuler (Ekskul): Kegiatan santri di luar KBM, semua ekskul berada di bawah Organisasi Santri Syaraful Haramain (OSSH). Ekskul terdiri dari ekskul wajib yaitu Kepanduan (pramuka) dan ekskul pilihan berdasarkan minat, yaitu:
- Jam’iyatul Qurra wal Huffazh, ekskul yang menekankan penjagaan dan pengembangan kemampuan menghafal, membaca bacaan alquran dengan langgam dan tahsin tajwid, serta kaligrafi alquran.
- Jam’iyatul Muballighiin, ekskul yang mengasah kemampuan ceramah, pidato dan menyampaikan materi dakwah dengan berbagai media.
- Ekskul Media dan Kreatif, ekskul yang mengasah kemampuan digital media sebagai salah satu sarana dalam dakwah dan pembelajaran
- Ekskul Hadrah dan Marawis, ekskul seni hadrah dan marawis sebagai sarana dalam mengembangakan seni Islam
- Dars Khususiy, sesi belajar tambahan bagi siswa/santri yang membutuhkan akselerasi materi karena ketertinggalan di semester sebelumnya.
- Kajian Wajib Khusus Wali Santri, kegiatan wajib sebulan sekali bagi wali santri sebagai sarana membangun sinergitas dalam pendidikan. Tema-tema yang disampaikan adalah tema-tema parenting dan pengenalan manhaj ta’lim.
- Khutbatul ‘Arsy, kegiatan pembukaan untuk santri baru oleh Mudir ma’had secara kolosal
- Masa Orientasi Santri, masa pengenalan santri terhadap Mahad selama sepekan dengan materi dalam ruangan maupun pelatihan. Materi yang disampaikan adalah: pengenalan struktur kerja mahad, pengenalan tatib santri (dalail thullab), sistem pergaulan dalam Islam, tes psikotes, pelatihan kepemimpinan dan outbond.
- Rihlah Ilmiyah, kegiatan bermanfaat mengisi waktu libur semesteran dengan kegiatan outing, berkunjung ke tempat ahli ilmu baik dalam maupun luar negeri
- Daurah, kegiatan liburan semester untuk menambah hafalan alquran maupun kemampuan bahasa arab