Tanggal 1 April 2016, Ma’had Syaraful Haramain didirikan di Bogor, dengan lokasi di Gedung E-19, Komplek Bukit Cimanggu City, Jl. KH Sholeh Iskandar, Cibadak, Tanah Sareal, Bogor. Awalnya Ma’had ini hanya menyelenggarakan 2 Program: (1) Program I’dad Lughawi; (2) Program Dirasah Islamiyyah.

Pada bulan Mei 2014, bekerjasama dengan al-Muflihun, menyelenggarakan program: (1) Daurah Tahfidz al-Qur’an, 30 Juz dalam 30 hari; (2) Daurah Lughah selama 1 bulan, khusus bagi calon pelajar yang akan diberangkan ke Universitas al-Azhar, Caero, Mesir. Program yang sama, kemudian dilakukan tahun berikutnya, Mei 2015, bekerjasama dengan Markaz Birrul Walidain. Program ini berlanjut hingga sekarang.

Pada tahun 2019, selain 2 program, I’dadi dan Dirasah, Ma’had Syaraful Haramain membuka program baru, yaitu Program Takmili, untuk menjembatani calon mahasantri yang akan melanjutkan ke Program Dirasah. Selain itu, Ma’had Syaraful Haramain juga membuka Program Ma’had Ummahat, khusus untuk ibu-ibu.

Seiring dengan meningkatnya animo, baik dari Mahasantri, maupun orang tua yang menginginkan putra-putrinya diamanahkan kepada Ma’had Syaraful Haramain, maka dengan izin Allah, bulan Agustus 2019, Yayasan At-Turats al-Islami, yang menaungi Ma’had Syaraful Haramain mendapat wakaf untuk pengembangan lembaga pendidikan ini.

Sampai saat ini, tanah wakaf yang telah diwakafkan oleh wakif ada 3000 m2. Rencananya akan dilanjutkan dengan Wakaf Tahap 2, seluas 3000 m2. Sisanya, ada 3 ha yang harus dibebaskan, dan terus diupayakan pembebasannya melalui uluran tangan para muhsinin dan dermawan yang berminat mengivestasikan hartanya untuk dipetik hasilnya kelak, melalui jalur infaq, wakaf dan/atau shadaqah jariyah serta hibah.

Selain itu, Ma’had Syaraful Haramain juga mendapatkan wakaf di Selayar, Sulawesi Selatan, seluas 5 ha, dan di Puncak, seluas 5000 m2, serta 3000 m2 di Leuliang, Kabupaten Bogor.