Untuk menunjang kegiatan civitas MSH Islamic Boarding School, maka telah tersedia beberapa fasilitas dan sebagiannya lagi sedang dipersiapkan, diantaranya:

1. Ruang Kelas. MSH menyiapkan ruangan dengan kapasitas 30 siswa dilengkapi dengan kursi, bangku, papan tulis dan alat pelengkap lainnya. Setiap ruangan memiliki jendela dan ventilasi udara yang baik, sehingga siswa akan merasa nyaman berada di kelas. Ruangan didesain agar santri dapat berinteraksi dengan guru serta teman-temannya dengan leluasa. Letak meja dan kursi dapat dirubah sesuai dengan kebutuhan pembelajaran.
2. MSH menyiapkan asrama dengan kapasitas 18 santri, dilengkapi dengan kasur dan ranjang terbaik, lemari tiga tahap, semuanya disediakan untuk masing-masing santri. Jadi setiap santri memiliki lemari, kasur pribadi yang tidak bercampur dengan santri lainnya.
3. Taman dan Gazebo. Sebagai salah satu area belajar, berdiskusi dan mencari inspirasi adalah taman dan gazebo. Area inipun bisa juga digunakan untuk botraman bagi wali santri yang berkunjung ke ma’had jika kondisi sudah memungkinkan.
4. Mushala berada di dalam area ma’had di lantai tiga. Untuk mendukung pelayanan terhadap jamaah, mushola dilengkapi dengan peralatan sound system yang memadai, yang sekaligus merupakan tempat aktifitas kajian, durus masjid, setoran hafalan alquran dan mutun.
5. Masjid utama mahad dibangun dua lantai dengan menerapkan ciri khas masjid al Azhar Mesir sebagai inspirasi santri dalam semangat menuntut ilmu. Masjiddilengkapi dengan peralatan sound system yang memadai, yang sekaligus merupakan tempat aktifitas kajian, durus masjid, setoran hafalan alquran dan mutun.
6. MSH akan menyiapkan lapangan olahraga telah didesain untuk beragam pelajaran olahraga seperti bola basket, footsal, volley dan atletik. Lapangan yang luas dan sarana olahraga yang beragam memberi peluang lebih besar untuk dapat mengembangkan motorik kasar dan bakat anak. Lapangan dan sarana olahraga yang ada terdiri dari basket, badminton dan futsal.
7. Toilet Umum. Di depan lapangan parkir, sebagai fasilitas untuk tamu atau walsan yang hendak berkunjung ke mahad.
8. Lapangan parkir luas
9. MSH Mart. Kantin menyediakan makanan dan minuman ringan yang sudah terjamin ke-halal-annya dan aman dikonsumsi untuk para santri.
10. MSH Water. Sebagai bagian dalam menjaga kesehatan dan kebutuhan minum santri, mahad membangun instalasi air (blue water) langsung bisa diminum. Disiapkan di setiap lantai, sehingga santri akan mudah mengambil secara langsung air minum.
11. Laboratorium Bahasa
12. Laboratorium komputer. Laboratorium komputer MSH dilengkapi dengan sejumlah computer atau PC Quad Core dengan jaringan internet yang jumlahnya setara dengan jumlah siswa per kelasnya dengan ruangan ber-AC.
13. Ruang UKS. Demi mengantisipasi adanya siswa yang kurang sehat saat di ma’had, ruang kesehatan dilengkapi dengan obat-obatan, P3K, alat kesehatan, ranjang dan ruangan dengan sirkulasi udara yang baik. Sekaligus di bawah pembinaan tenaga nakes internal dan berkoordinasi dengan puskesmas setempat.
14. Ruang Meeting
15. Perpustakaan digunakan dalam pembelajaran bahasa, social dan lainnya. Dalam perpustakaan dikondisikan kegiatan membaca, mencari sumber belajar maupun tugas mandiri. Koleksi buku dan referensi disediakan dengan memperhitungkan kebutuhan sumber belajar anak di ma’had.
16. Berada dalam lingkungan yang asri dan nyaman, sekolah ini dilengkapi oleh personil keamanan yang professional (Satpam) dan dilengkapi dengan CCTV hampir di setiao sudut. Dengan kelengkapan keamanan tersebut, mampu menciptakan keamanan dan kenyamanan kegiatan pembelajaran maupun kenyamanan lingkungan di sekitar ma’had.